Arktisella keskuksella on ansioituneista kansainvälisistä tutkijoista koostuva tieteellinen neuvottelukunta, joka toimii neuvoa-antavassa ja ohjaavassa roolissa. Neuvottelukunta tukee Arktisen keskuksen johtamista antamalla neuvoa tutkimussuunnittelussa, tiedekoulutuksessa, viestinnässä ja tutkimuspalvelujen tarjonnassa. Se myös ohjaa Arktisen keskuksen strategian toteuttamisessa ja arvioi, onko strategiaan asetettuja tavoitteita saavutettu.
Neuvottelukunta tukee Arktisen keskuksen kansallista ja kansainvälistä yhteistyötä ja verkostoitumista sekä tieteellisten kumppaneiden, julkisen että yksityisen sektorin kanssa.